O Enem foi criado pelo governo federal, na gestão do ex-presidente Fernando Henrique Cardoso. A meta era ter uma avaliação da educação básica do território nacional.

Outro objetivo era mapear o cenário da educação e, a partir desses dados, planejar políticas públicas.

O Enem foi realizado pela primeira vez em 20 de agosto de 1998. 

Na ocasião, foram 157,2 mil inscritos e 115,6 mil participantes.

Em 1998, apenas 9% dos participantes eram de escolas públicas.

Redação e 63 questões objetivas estiveram no plano do primeiro exame em 1998. Com o tempo de quatro horas para a resolução da prova.

Em 1999, o número de instituições de ensino superior que utilizam as notas do Enem saltou de 2 para 93 a partir do segundo ano de aplicação do exame.

Em 2001 outra novidade: as inscrições começam a ser feitas pela internet. 

O ano de 2004 marca outra mudança: as notas do Enem passam a ser válidas no ProUni.

Em 2006, o Enem soma 3,7 milhões de inscritos e 2,8 milhões de participantes. Ao todo, 500 universidades passam a validar o resultado da prova como critério de seleção. 

Uma mudança acontece em 2009, quando o exame passa a ter quatro provas objetivas. Ao todo, foram 45 questões e a redação. A prova também é dividida em dois dias: sábado e domingo.

Em 2010, o Sisu passa a aceitar a nota do Enem no seu programa de seleção.

No mesmo ano, o Inep inicia a coleta de dados a respeito de deficiência ou condição específica dos participantes.

Há 10 anos, em 2013, quase todas as instituições federais de ensino superior passam a usar o Enem como porta de entrada.

Em 2015, as notas do Enem viram critério para o financiamento do Fies.

A partir de 2017, o Enem passa a ser realizado em dois domingos consecutivos. A Redação, agora, acontece no primeiro dia. 

Quando completou 20 anos, o Enem trouxe novidades. Em 2018, os participantes passam a ter 30 minutos a mais de duração no segundo dia do exame.

A versão digital do Enem começou a ser aplicada em 2020, 2021 e 2022.

Neste ano, porém, o MEC e Inep decidem suspender o Enem Digital. O motivo está relacionado aos altos custos e baixa adesão.