Flávio Bolsonaro foi denunciado por peculato, organização criminosa e lavagem de dinheiro pelo Ministério Público do Rio, que o acusa de desviar salários de funcionários durante os mandatos como deputado estadual. O processo, no entanto, está parado pelos efeitos da decisão da Justiça fluminense, que garantiu foro ao senador e transferiu a investigação para a segunda instância.