Ele aprendeu a manusear armas de fogo aos 14 anos. Quatro anos depois, cometeu o primeiro homicídio. Apelidado como Diabolik, em referência ao criminoso protagonista de uma famosa revista em quadrinhos italiana, liderava a temida máfia siciliana Cosa Nostra, especializada em tráfico de drogas, mas que também atuava nos setores imobiliário, de energia eólica e de apostas on-line.
Nascido em 26 de abril de 1962 em Castelvetrano, sudoeste da Sicília, entrou para a organização ainda na infância, graças a seu pai, Don Ciccio, líder do clã local. Também chamado de "príncipe de Trapani", Matteo Messina Denaro era apaixonado por carros de luxo, por mulheres e por relógios de ouro. Nos anos 1990, ordenou o assassinato dos juízes antimáfia Giovanni Falcone e Paolo Borsellino, assim como uma série de atentados em Roma, Milão e Florença.
Seus primeiros problemas com a lei começaram em 1989, quando foi acusado de associação com a máfia por sua participação na sangrenta luta entre dois clãs rivais. Neste ano, foi acusado de ser o mandante do assassinato de Nicola Consales, um empresário do setor de hotelaria, que reclamava que seus funcionários tivessem relações com a máfia, entre eles, a amante de Diabolik.
Como líder do chamado clã Castelvetrano, firmou a aliança com o famoso clã Corleonesi, imortalizado no filme O Poderoso Chefão, e se tornou um dos herdeiros do temido "chefe de todos os chefes" Salvatore Riina, conhecido como Totò Riini, preso em 1993 e falecido em 2017. Em julho de 1992, participou do assassinato de Mincenzo Milazzo, chefe do clã Alcamo e chegou a estrangular sua companheira, grávida de três meses, o que alimentou sua fama de cruel.
Após a detenção de Totò Riina, Messina Denaro liderou a estratégia do terror e apoiou a organização dos atentados em Florença, Milão e Roma. Esses ataques deixaram dez mortos e centenas de feridos. Em meados de 1993, tornou-se líder invisível de uma organização criminosa milionária. Seu rosto era desconhecido da maioria dos italianos. Em 2000, foi condenado à revelia no grande julgamento contra a máfia chamado "Omega", em Trapani.
Durante seus anos como fugitivo, comunicava-se sob o pseudônimo "Alessio" através das famosas pizzini, mensagens escritas em pequenos papéis fáceis de serem escondidos. Em 2010, a revista Forbes incluiu-o na lista dos dez fugitivos mais perigosos do mundo. Seus anos como fugitivo ficaram marcados por rumores, como o de que ele teria se submetido a uma cirurgia plástica para ficar irreconhecível.