Em 3 de outubro, o general precisou ser internado, no Hospital das Forças Armadas, para ser submetido ao mesmo procedimento médico, que é utilizado para a obtenção de imagens da laringe, traqueia, árvore brônquica e para a coleta de secreções e tecidos das vias aéreas.
No final de 2016, o general declarou sofrer de esclerose lateral amiotrófica (ELA), doença degenerativa que, em estado avançado, limita os movimentos do corpo. Por conta disso, Eduardo Villas Bôas já apareceu em algumas entrevistas ou em eventos públicos utilizando bengala ou cadeira de rodas.