No fim de agosto, Bolsonaro reconheceu que a Agência Brasileira de Inteligência (Abin) monitorava os preparativos do sínodo. Ele afirmou que a assembleia de bispos católicos ;tem muita influência política; e explicou que a agência monitora todos os grandes grupos. O encontro preocupa o Palácio do Planalto, que apontou, mais de uma vez, que a cúpula convocada pelo líder religioso pode ser considerada uma forma de interferência estrangeira nas questões que afetam a soberania brasileira.
Os bispos da região amazônica divulgaram uma carta nosmesmo mês: ;Lamentamos imensamente que hoje, em vez de serem apoiadas e incentivadas, nossas lideranças são criminalizadas como inimigos da pátria;, escreveram. Além disso, o posicionamento do papa diverge das intenções de Bolsonaro de incentivar o turismo na região e abrir terras indígenas à exploração de minérios. O chefe do Executivo também afirmou que não fará novas demarcações de reservas para abrigar os chamados povos originários.
;Imagine o nosso Brasil com Sul e Sudeste demarcado com terra indígena. Tudo estaria inviabilizado. Tchau, agronegócio, tchau, homem do campo. Nós ocupamos 7% do nosso território para agricultura, outros ocupam 70%;, disse o presidente.
Já o cardeal Cláudio Hummes, presidente da Rede Eclesiástica Pan-Amazônica (Repam) e participante do encontro, destacou durante uma coletiva de imprensa no Vaticano que a demarcação de terras indígenas é fundamental para a conservação da Floresta Amazônica. ;Nós sabemos que, para os indígenas, isso é fundamental. Também as reservas geograficamente delimitadas são importantíssimas para a preservação da Amazônia;, afirmou.
O sínodo foi anunciado pelo papa em outubro de 2017. O documento preparatório, feito pela Rede Eclesial Pan-Amazônica (Repam Brasil), afirma que se desencadeou, na região, uma profunda crise. Os religiosos criticam, ainda, a exploração econômica, a destruição ambiental e o descaso com as populações de indígenas, quilombolas e ribeirinhos.
O documento reúne 147 pontos, divididos em 21 capítulos, separados por três partes, que abordam: ;A voz da Amazônia;; a ;Ecologia integral: o clamor da terra e dos pobres; e a Igreja ;com rosto amazônico e missionário;. Na última quarta-feira, Bolsonaro recebeu no Palácio do Planalto o núncio apostólico Giovanni d;Aniello, representante do papa Francisco no Brasil. No entanto, o assunto tratado não foi revelado.