Em dezembro de 2016, Canal foi o último a falar no seminário "Dia Internacional do Combate à Corrupção", realizado no Rio de Janeiro e promovido pela regional do Sindicato Nacional dos Auditores Fiscais da Receita Federal do Brasil (Sindifisco-RJ). À época já destacado como supervisor da Equipe de Programação da Operação Lava-Jato, Marco Aurélio Canal palestrou sobre a operação, a CPI dos Fundos de Pensão e a Divisão de Fiscalização da Receita.
O auditor também mereceu nota de desagravo de seus pares em agosto deste ano. O Sindifisco publicou texto em que manifestava sua preocupação "com a instabilidade institucional suscitada com a decisão monocrática do STF de afastar dois auditores fiscais", após determinação do ministro Alexandre de Moraes, do Supremo Tribunal Federal, de suspender investigação contra 133 contribuintes. Canal não era um dos afastados, mas havia sido citado.
"Os auditores fiscais das Equipes de Combate a Fraudes Fiscais (Efrau) manifestam expresso apoio (...) ao colega Marco Aurélio da Silva Canal, que, em que pese sua legítima atuação como AFRFB responsável pela seleção e programação de contribuintes a serem fiscalizados, está sendo indevidamente acusado de ação abusiva e policialesca contra ministro do STF", dizia o texto.
A referência era ao ministro Gilmar Mendes, que em fevereiro teria tido seus dados fiscais e o de sua mulher, Guiomar Feitosa, acessados de forma indevida pela equipe de Canal.