Benedito chegou a ser indicado pelo presidente Jair Bolsonaro para a Comissão Sobre Mortos e Desaparecidos Políticos. No entanto, a ascensão dele ao cargo foi barrada pelo Conselho Superior do Ministério Público Federal (MPF). Visto como um perfil conservador, o procurador era uma estratégia do presidente da República para mudar a cara do órgão e provocar mudanças em relação a visão história do regime militar de 64.
[SAIBAMAIS]O nome dele foi rejeitado por 6 votos a 4, sendo um dos contrários o da ex-procuradora-geral da República, Raquel Dodge. A indicação dele foi criticada por políticos de esquerda e entidades ligadas a proteção aos direitos humanos. Na ocasião, Aílton rebateu as críticas acusando quem se opunha de serem militantes "esquerdistas". ;Só a militância político-midiática esquerdista e a, agora, ex-presidente fingem se surpreender com as mudanças na Comissão Especial sobre Mortos e Desaparecidos Políticos. A bem da verdade, o governo demorou muito para executar tais mudanças absolutamente previsíveis;, escreveu.