Uma delas, remetida ao juiz Sérgio Moro, da Justiça federal em Curitiba, é relativa à existência de contas secretas na Suíça. A outra, encaminhada ao Tribunal Regional Federal da 2; Região, é uma acusação de que Cunha recebeu propina pela contratação de navios-sonda pela Petrobras.
Ainda restam quatro inquéritos no STF que investigam Eduardo Cunha. Um deles deve ser mantido na Corte, por envolver outras autoridades com foro privilegiado. Os outros três aguardam análise dos ministros relatores, Teori Zavascki e Dias Toffoli.
Na remessa do caso relacionado ao BTG, o ministro Celso de Mello acolheu manifestação do procurador-geral da República, Rodrigo Janot, para remeter o inquérito à Justiça comum.
O caso ficará com a Justiça Federal no Distrito Federal, já que a tramitação das propostas legislativas ocorreu no Congresso Nacional, em Brasília.