Os procuradores afirmaram que, "no núcleo político da organização criminosa", Dirceu "ocupava papel de destaque" e foi beneficiário final de valores desviados da Petrobras, além de ser um dos responsáveis pela criação do "complexo esquema criminoso praticado em variadas etapas e que envolveu diversas estruturas de poder, público e privado".
"José Dirceu, em meio à relevância que ostentava no âmbito do Partido dos Trabalhadores, foi o responsável pela indicação e pela nomeação de Renato Duque à Diretoria de Serviços da Petrobras, possibilitando, desde logo, que grande parte de esquema se edificasse", sustenta a Procuradoria da República na denúncia final que levou à condenação do ex-ministro.
Em 2012, no mensalão, o ex-ministro foi condenado a sete anos e 11 meses de reclusão. Quando voltou a ser preso por causa da Lava-Jato, já havia cumprido um quarto da primeira pena em Brasília. O eventual perdão da pena no mensalão, no entanto, não afeta a nova condenação.