No âmbito da Lava-Jato, o peemedebista é investigado em pelo menos dois inquéritos. O primeiro é referente ao recebimento de US$ 5 milhões em propinas oriundas da contratação de navios-sonda da Petrobras; o segundo, por suspeita de manter contas ilegais na Suíça, que teriam sido irrigadas com recursos desviados da estatal.
Além dos inquéritos no STF, o peemedebista também é alvo de um processo no Conselho de Ética da Câmara que pode cassar seu mandato por quebra de decoro parlamentar. O colegiado investiga se o presidente da Casa mentiu aos parlamentares ao afirmar que não possuía contas no exterior.