A representação criminal instaurada na Procuradoria Geral da República (PGR) foi baseada condutas ilícitas: crime de responsabilidade (quando Gomes deixou o plenário sem responder as perguntas de parlamentares inscritos) e condescendência criminosa (se tinha conhecimento de crimes cometidos por "achacadores", nas palavras dele, se omitiu ao não denunciar ao Ministério Público Federal, de acordo com a Câmara).
A terceira acusação é de improbidade administrativa. De acordo com o procurador da Câmara, Cid Gomes descumpriu os princípios de lealdade e honestidade. Na Justiça Federal de Brasília, (Tribunal Regional federal da 1; Região), o procurador entrou com uma ação de reparação por danos morais contra a imagem da Casa. Os parlamentares pedem indenização, destinada ao Fundo Nacional de Desenvolvimento da Educação (FNDE).