O embargo de declaração é um recurso rotineiro, apresentado por uma das partes interessadas no processo quando ainda resta dúvida sobre a sentença já anunciada. Normalmente, esclarecidas as dúvidas pontuais, a decisão judicial é mantida em sua essência e, se necessário, pequenos ajustes são feitos, esclarecendo os pontos obscuros.
Entre os autores dos oito embargos apontando omissões e contradições do processo, estão o governo de Roraima, que afirma que o acórdão embargado é omisso em relação aos serviços de saúde, educação e de fornecimento de energia elétrica que o estado prestava às comunidades indígenas. O antigo ocupante de uma fazenda, a Guanabara, garante que a propriedade foi incorretamente integrada à terra indígena, já que uma sentença judicial transitada em julgado havia reconhecido a titularidade da área.
Outro embargo foi interposto por índios de sete comunidades (Socó, Barro, Maturuca, Jawari, Tamanduá, Jacarezinho e Manalai) que cobram esclarecimentos sobre a necessidade de obterem autorização para garimpar e sobre a necessidade de consulta prévia às comunidades indígenas sempre que uma iniciativa afetar seus interesses. O STF também vai ter que esclarecer a hipótese de os limites das terras indígenas já demarcadas não poderem mais ser ampliadas e as condições para o ingresso, o trânsito e a permanência de não índios em terras indígenas.
Segundo Cleber Buzatto, secretário executivo do Conselho Indigenista Missionário (Cimi), entidade ligada à Conferência Nacional dos Bispos do Brasil (CNBB), "a expectativa é que o STF reafirme e assegure os direitos indígenas, não impondo qualquer condição [restritiva] às possibilidades de acesso e de usufruto dos povos indígenas às suas terras tradicionais;. Ele disse à Agência Brasil que o aspecto mais importante a ser discutido é se as condicionantes impostas para que a demarcação da Raposa Serra do Sol em terras contínuas fosse mantida se aplicam aos demais processos demarcatórios.
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;Esta será a oportunidade de rediscutir as condicionantes;, acrescentou Buzatto, lembrando que, em 2012, a Advocia-Geral da União publicou uma portaria estendendo para todos os processos demarcatórios, inclusive para os já finalizados, a obrigação de que advogados da União e procuradores da República observem as 19 condicionantes em todos os processos demarcatórios de terras indígenas. A Portaria 303 gerou protestos de índios e de organizações indigenistas. A Fundação Nacional do Índio também manifestou preocupação com a iniciativa, alegando que ela restringe direitos indígenas ao tomar como base uma decisão não definitiva do STF. A entrada em vigor da portaria acabou suspensa até que as condicionantes sejam julgadas.