Antes de chegar ao Congresso Nacional, a discussão sobre os poderes de investigação do Ministério Público já havia começado no Judiciário. O assunto é tema de pelo menos 30 processos no Supremo Tribunal Federal (STF), que ainda não se manifestou definitivamente. Ao menos sete ministros das formações mais recentes do Tribunal votaram a favor do Ministério Público, mas defenderam regras mais claras nas apurações, em maior ou menor escala.
São eles Cezar Peluso, Ricardo Lewandowski, Gilmar Mendes, Luiz Fux, Celso de Mello e Cármen Lúcia. Mesmo entendendo que o Ministério Público não pode presidir inquéritos, Joaquim Barbosa e Carlos Ayres Britto não mencionaram imposição de regras. Já Marco Aurélio Mello defende que a apuração criminal é atividade privativa das polícias. Cezar Peluso e Ayres Britto se aposentaram no segundo semestre de 2012.
[SAIBAMAIS] A maioria dos ministros quer que o MP siga as mesmas regras do inquérito policial, com supervisão do Judiciário e publicidade de informações aos acusados. Alguns limitaram a área de atuação do MP aos crimes cometidos por integrantes da própria instituição e por agentes policiais, crimes contra a administração pública ou ainda se a polícia deixar de agir. Parte dos ministros defende que não é necessário acionar as polícias quando as acusações derivarem de dados concretos de órgãos administrativos ou de controle, como fraudes previdenciárias ou tributárias.
;Reafirmo que é legítimo o exercício do poder de investigar por parte do Ministério Público, porém, essa atuação não pode ser exercida de forma ampla e irrestrita, sem qualquer controle, sob pena de agredir, inevitavelmente, direitos fundamentais;, defendeu Gilmar Mendes. Em mobilização recente contra a PEC 37, Ayres Britto disse que subtrair o poder investigativo do Ministério Público é uma ;hecatombe jurídica;, mas que a instituição precisa seguir regras ;para não ser refém de si mesma" e "evitar arbítrios;.
O STF registra pelo menos 100 ações em tribunais de todo o país questionando a investigação promovida pelo Ministério Público. Elas estão suspensas, aguardando a palavra final da Corte. Defensores da PEC 37 argumentam que o texto atual da proposta valida as apurações feitas até agora, eliminando esses questionamentos judiciais e evitando prescrições.
O presidente da Associação de Juízes Federais do Brasil, Nino Toldo, diz que a maioria dos associados já se manifestou favoravelmente ao poder de investigação do Ministério Público. Para a Associação dos Magistrados Brasileiros (AMB), o órgão não pode deixar de investigar, especialmente quando os criminosos dificultam o trabalho da polícia ou estão dentro da própria corporação. ;Um Ministério Público imóvel dentro do processo, que não pode investigar, é contramão da história mundial;, avalia o presidente da AMB, Nelson Calandra.