A legislação determina a apresentação de, no mínimo, seis certidões judiciais: nas justiças estadual e federal de domicílio do candidato e na Justiça do Distrito Federal, todas em primeira e segunda instância. Os candidatos com foro privilegiado também devem apresentar certidões negativas do Superior Tribunal de Justiça e do Supremo Tribunal Federal, se for o caso. Muitos chegaram a apresentar as certidões, porém não em formato digitalizado, como exige a lei.
;Achamos que as certidões são necessárias, mas que o prazo é muito curto para conseguir reunir tudo;, argumenta Rubens Pavão, assessor da campanha presidencial do PSDC.
Para Américo Gomes, advogado da campanha de Zé Maria, (PSTU), além da grande quantidade de certidões exigidas, o esclarecimento de homônimos também é problema. ;Ficou complicado tirar nossas certidões no Distrito Federal porque havia um homônimo do candidato, que havia se envolvido em um crime de trânsito;.
Dilma Rousseff e seu vice Michel Temer, da coligação liderada por PT e PMDB, não tiveram complicações com as certidões judiciais. O problema da coligação é que o nome de José Eduardo Dutra, presidente da coligação, não consta nas atas dos partidos coligados ao PT.
O advogado da campanha, Márcio Silva, disse que está providenciando um documento com a assinatura de todos os partidos da coligação para corrigir o equívoco. ;Esse é um problema que inclusive já aconteceu nas eleições de 2006. Quando os partidos fazem uma ata, é tanta informação que acabam esquecendo essa minúcia;.
Os únicos candidatos que não têm qualquer pendência no registro são Marina Silva e Guilherme Leal, do PV, e Hamilton Assis, candidato à vice pelo P-SOL. Os candidatos do PV foram os primeiros presidenciáveis a se registrarem no TSE, cinco dias antes do prazo final estipulado por lei.
Um item que foi declarado ausente em vários registros foi o programa de governo, embora somente o PCO não tenha apresentado oficialmente qualquer documento. Segundo os despachos do presidente do TSE, ministro Ricardo Lewandowski, o único candidato que teve o programa rejeitado por não apresentar a versão digital foi Zé Maria, do PSTU. Os programas dos candidatos José Maria Eymael (PSDC), Levy Fidélix (PRTB) e Ivan Pinheiro (PCB) foram anexados pelos partidos, mas foram considerados ;não apresentados; pelo ministro.
Os candidatos têm até 72 horas para consertarem as falhas após serem notificados pelo TSE. Caso os documentos não sejam anexados ao registro, eles podem ter a candidatura negada e não disputar as eleições. Os registros serão julgados em definitivo pelo TSE depois do recesso de julho, na sessão do dia 5 de agosto.