No final de sua atuação como procurador-geral da República, Antonio Fernando Souza fez uma espécie de "limpeza nas gavetas" e encaminhou vários documentos ao Supremo Tribunal Federal para serem juntados à ação penal do mensalão --inclusive uma denúncia.
Entre os vários ofícios enviados pelo ex-procurador-geral há um relatório da Controladoria Geral da União, uma auditoria (com pedido de abertura de novo apenso), a requisição de novas diligências e o pedido de que seja requerido à 10; Vara Federal do Distrito Federal cópia de material produzido em processo criminal.
A reportagem não conseguiu obter detalhes sobre a denúncia no gabinete do relator Joaquim Barbosa, do Supremo Tribunal Federal, e na assessoria da Procuradoria.
Em agosto de 2007, o STF aceitou denúncia de Antonio Fernando e abriu processo criminal contra todos os 40 acusados de envolvimento no mensalão. A ação incluiu três ex-ministros, um ex-presidente da Câmara, 13 deputados e ex-deputados, dirigentes de partidos e de bancos e empresários.
Em janeiro de 2008, o ex-secretário-geral do PT Silvio Pereira aceitou um acordo com a Procuradoria e teve seu processo penal suspenso. Por três anos, ele não poderá ocupar cargo público, terá de prestar serviços comunitários, comparecer mensalmente à Justiça e informar ausência maior que oito dias de São Paulo.