A indicação dos governistas de que os cargos de comando da CPI da Petrobras devem ser preenchidos por aliados do Palácio do Planalto foi recebida pela oposição como uma provocação. Na avaliação de líderes do DEM e do PSDB, ao controlar as investigações, o governo pretende "politizar" e "radicalizar" os debates. O líder do DEM no Senado, José Agripino Maia (RN), disse que a nova postura dos governistas pode prejudicar a Petrobras e lembrou que cedeu a presidência dos trabalhos em outras CPIs, como a que investigou as denúncias de abuso no uso dos cartões corporativos do governo.
"Para quem, até pouco tempo procurava, um entendimento essa posição é no mínimo estranha. Algo diferente deve ter acontecido. Isso mostra que o governo está disposto a radicalizar e politizar as investigações o que não é bom para a Petrobras. Essa é uma posição nociva para a estatal. O governo deve temer muito essa investigação porque em outras CPIs assumiu outra postura completamente diferente, sem essa blindagem", afirmou.
O presidente do PSDB, senador Sérgio Guerra (PE), reforçou as críticas e sustentou que o governo quer blindar a CPI por ter receio de investigar a estatal. "Se começa com essa história de indicar relatoria e presidência é porque não quer investigar. É sinal claro que não quer investigar. A gente está apostando em uma fiscalização sem interesse político, isenta, sem envolver o debate das eleições de 2010", disse. Pelo regimento, a presidência da CPI é destinada à maior bancada da Casa, que neste caso é PMDB, que por sua vez indica o relator.
Outro argumento da oposição é que, tradicionalmente, governo e oposição dividem os comandos da CPI --ora na presidência, ora na relatoria da comissão. Como o DEM ocupou a relatoria da última CPI instalada no Senado, a da Pedofilia, a oposição afirma que é sua vez que presidir a CPI da Petrobras. Os governistas, porém, sinalizaram que não estão dispostos a ceder o comando da CPI para a oposição --preocupados com arranhões na imagem da Petrobras e na disputa com o PSDB e o DEM em 2010. O ministro José Múcio Monteiro (Relações Institucionais) disse que a disputa por cargos e indicações para a comissão ficará restrita ao Legislativo. "Não se falou em nome, isso vai depender dos líderes do Senado", afirmou. O DEM sugeriu o nome do senador Antônio Carlos Magalhães Júnior (DEM-BA) para presidir a CPI. Com perfil moderado, o senador poderia ser aceito pelos governistas com maior facilidade que o senador Álvaro Dias (PSDB-PR), indicado pelo PSDB para a presidência da comissão. A relatoria é o cargo mais cobiçado pelos governistas porque cabe ao relator conduzir as investigações sobre supostas irregularidades na administração da CPI. Com a relatoria em mãos, os aliados poderão blindar eventuais informações que supostamente possam comprometer a diretoria da estatal e constrager a cúpula do governo.