O resultado das eleições, que consagrou 18 deputados federais para a administração municipal, não vai alterar a correlação de forças entre governo e oposição no Congresso Nacional. No tabuleiro das vagas abertas com a eleição de deputados para as prefeituras e a efetivação de suplentes para a Câmara, o jogo ficou praticamente empatado: os dois principais partidos de oposição, PSDB e o DEM, vão ganhar mais uma cadeira de suplente na Casa a partir de janeiro de 2009, quando os novos prefeitos e vices assumem. No Senado, o cenário fica inalterado, uma vez que os três candidatos governistas não venceram.
Os partidos da base aliada elegeram 13 deputados prefeitos e outros dois vice-prefeitos, enquanto as legendas de oposição PSDB e o DEM conquistaram apenas três cargos de administrador municipal. Ao todo, 95 congressistas disputaram as eleições ; o índice de sucesso, considerando os vices, foi de 18,9%. Em 2004, a taxa foi maior, de 22%, visto que 20 dos 91 parlamentares se elegeram, sendo 18 deputados e dois senadores.
PTB à frente
Partido desidratado pelo escândalo do mensalão e que busca se reerguer no segundo mandato do governo Lula, o PTB vai ser a legenda que mais ganhará deputados com o troca-troca provocado pelas eleições municipais: duas cadeiras. Com isso, a bancada do partido de Roberto Jefferson, pivô das denúncias do mensalão, aumentará para 21 deputados. Apesar do ganho, a legenda ainda está longe dos 55 deputados que chegou a ter no primeiro governo Lula. Assumirão dois vereadores: Antonio Carlos Ramos (AL) e Elizeu Morais de Aguiar (PI).
O PMDB da Câmara ganhará mais uma cadeira e com a ajuda do troca-troca partidário vai se consolidar como a maior legenda da Casa, com futuros 95 deputados ; seis a mais do que elegeu em 2006. O vereador da Câmara Municipal de Manaus, Ari Jorge Moutinho (AM), é o primeiro suplente da vaga aberta com a eleição de Carlos Souza para o cargo de vice-prefeito da capital amazonense.
O Democratas também terá direito a mais uma vaga na Câmara e pulará para 55 parlamentares. Os tucanos ficarão com os mesmos 59 deputados que têm atualmente. Juntos, DEM, PSDB e PPS, as principais legendas de oposição, já encolheram 16% desde a eleição geral de 2006. As bancadas do PT e PDT ficam iguais, enquanto os aliados PR, PSB, PP e PCdoB perdem uma cadeira.