Zapata, de 40 anos, decolou por volta das 07h05 GMT (04h05 de Brasília) perto da praia de Sangatte, no noroeste da França, diante de uma dúzia de curiosos.
Ele planejava cruzar o estreito de 35 quilômetros e aterrissar na costa inglesa, na área da baía d St Margaret;s, mas caiu na água pouco mais da metade do percurso, quando devia pousar em um navio para reabastecer o combustível.
De acordo com uma conversa por telefone via satélite ouvida por um jornalista da AFP, ele foi resgatado "consciente".
"Está tudo bem e ele está sendo levado de volta para a costa. Ele foi resgatado por mergulhadores que estavam no navio. Falou com a esposa ao telefone para tranquilizá-la", disse à AFP o prefeito de Sangatte, Guy Lallemand.
"Ele teve um problema com o abastecimento entre as águas francesas e inglesas. Então não conseguiu concluir o trajeto. A travessia do Canal da Mancha foi cancelada", disse uma porta-voz da equipe de Zapata, recusando-se a confirmar explicitamente sua queda.
Logo após o fracasso, a atmosfera era de pesar na praia de Sangatte. Sua equipe técnica começou a empacotar o material e o público que o esperava foi embora rapidamente.
O ex-campeão mundial de esqui aquático causou sensação no desfile de 14 de julho em Paris, quando sobrevoou os Champs-Elysées sob os olhares de milhares de pessoas, incluindo o presidente Emmanuel Macron.
Seu dispositivo, chamado "Flyboard" e inventado pelo próprio Zapata, é propulsado por cinco turbinas a ar que permitem avançar a até 190 km/h, com uma autonomia de cerca de dez minutos.
Esse inventor francês se preparou seis meses para esse desafio técnico e físico, 110 anos depois que o francês Louis Bleriot realizou o primeiro voo de avião sobre o Canal da Mancha.
Zapata lançou seu "Flyboard Air" em 2016, o mais recente objeto incorporado à sua marca homônima, que inclui uma prancha flutuante propulsada a água e um jet ski.
O dispositivo é alimentado por cinco pequenos motores a jato e controlado por um acelerador manual, que Zapata ativa para decolar depois de calçar um par de botas presas à prancha.
O governo francês elogiou essa invenção e chegou a sugerir um potencial militar.
O presidente Emmanuel Macron postou um vídeo das acrobacias de Zapata no desfile de 14 de julho no Twitter, com a legenda "Orgulhoso do nosso exército, moderno e inovador".