Entre os locais está a catedral católica de Oura, em Nagasaki, dedicada a 26 cristãos executados há mais de quatro séculos.
O cristianismo no Japão remonta a 1549, quando o missionário jesuíta europeu Francisco Javier chegou ao país com outros dois companheiros e começou a pregar sua mensagem no oeste do país.
Sua influência crescente gerou preocupação entre os comandantes militares do Japão. A perseguição dos cristãos começou a partir de 1589.
Os cristãos homenageados na catedral de Oura - 20 japoneses e seis estrangeiros - foram executados em Nagasaki em 1597, quando a perseguição aumentou.
De estilo gótico, a catedral de Oura, construída em 1864 por padres franceses, é o edifício cristão mais antigo do Japão.
O governo a designou patrimônio nacional em 1933 e a igreja foi danificada pela explosão da bomba atômica lançada pelos Estados Unidos sobre Nagasaki em 9 de agosto de 1945.
Entre os outros locais que entraram para a lista de patrimônio da humanidade está a localidade de Sakitsu, em Amakusa, na região de Kumamoto (sudoeste), onde os cristãos praticaram sua fé em sigilo durante a era Edo, de 1603 a 1868.