Na atual campanha enfrenta uma série de críticas pelo passado do partido Frente de Convergência Nacional (FCN), pelo qual é candidato, fundado em 2008 por militares reformados que grupos de direitos humanos vinculam a vexames cometidos durante a guerra civil guatemalteca (1960-1996).
Incomodado pela associação, Morales nega a presença de militares em suas filas, embora um dos militares questionados por violação dos direitos humanos, Edgar Ovalle, tenha sido eleito deputado pelo FCN no primeiro turno das eleições de setembro.