O acordo entre Ghani e Abdullah havia sido especialmente estimulado pela ONU e os aliados de Cabul, especialmente Washington, que deseja evitar o aumento da violência antes da saída das tropas da Otan.
A assinatura do acordo, diante da imprensa na capital afegã, aconteceu alguns dias depois de um atentado talibã na capital que matou três soldados da Otan.
Depois de mais de 12 anos de intervenção militar dos países ocidentais, a ameaça persistente dos insurgentes continua presente.
Com o acordo, Abdullah poderia virar primeiro-ministro ou nomear um aliado para o cargo, segundo um projeto de acordo ao qual a AFP teve acesso.
Um dia depois do segundo turno, Abdullah, que havia superado Ghani no primeiro turno (45% dos votos contra 31,6%), denunciou uma grande fraude a favor do rival.
Karzai, o único político que presidiu o país desde a queda do regime talibã em 2001, com o apoio dos ocidentais, estava proibido de disputar um terceiro mandato.
A Otan aguardava o acordo para assinar com Cabul um outro acordo, sobre a presença militar internacional depois de 2014.
Karzai, que viu sua relação com Washington sofrer um abalo nos últimos anos, se recusou a assinar o documento, mas tanto Ghani como Abdullah afirmaram ser favoráveis.
A Otan pretende retirar todas as tropas de combate do Afeganistão até o fim do ano.
Os países ocidentais desejam manter no país uma força de 12.000 oficiais, em sua maioria americanos, contra os 41.000 atuais, para apoiar as forças talibãs contra os talibãs.
O novo governo terá a delicada missão de estabilizar e garantir a segurança do país, um dos mais pobres do mundo, e estimular a economia.
Também poderia retomar o projeto de negociações com os talibãs para tentar acabar com o conflito que matou 2.300 civis nos oito primeiros meses do ano, segundo a ONU.