"O Egito não retornará à estabilidade sem a anulação deste golpe de Estado", assegurou Morsy em uma carta lida por al-Damati. Ele também pediu a seus partidários que manifestam diariamente que permaneçam "firmes". "Eu agradeço ao povo que se revoltou já nas primeiras horas do golpe de Estado e que continua a se revoltar a cada dia em todo o país", concluiu.
Para justificar a destituição de Morsy, os militares evocaram as manifestações em 30 de junho que contaram com a participação de milhões de egípcio exigindo a saída do chefe de Estado, acusado por eles de concentrar os poderes em favor da Irmandade Muçulmana, confraria à qual pertence, e de querer islamizar a sociedade egípcia.
Desde então, o novo governo, mas sobretudo o general Al-Sisi, acusa a Irmandade Muçulmana de "terrorismo". Em 14 de agosto, soldados e policiais dispersaram violentamente manifestações organizadas pelos partidários de Morsy no Cairo, matando centenas deles. Ao todo, mais de mil manifestantes foram mortos desde o golpe.
Além disso, mais de 2.000 membros da Irmandade Muçulmana, que venceu com grande expressividade as eleições legislativas de 2011, foram presos em meados de agosto, incluindo quase todos os seus líderes. Assim como o presidente deposto, os líderes da confraria também são acusados de envolvimento na morte de manifestantes anti-Morsy quando estavam no poder. Na abertura de seu julgamento, em 4 de novembro, Morsy rejeitou a autoridade de seus juízes e insistiu ser ele o único presidente legítimo do país. A audiência foi adiada para 8 de janeiro.