Na primeira aparição pública desde que foi destituído pelo exército, em 3 de julho, o primeiro presidente egípcio eleito democraticamente declarou: "Sou o doutor Mohamed Morsy, o presidente da República. Este tribunal é ilegal. Isto foi um golpe militar. É preciso julgar seus líderes. O golpe é uma traição e um crime".
Em tom de desafio, Morsy chegou vestido de terno, ao invés da roupa branca exigida aos detentos. No início da audiência, outros dois islamitas acusados, Esam al-Erian e Mohamed al-Beltagui, ambos importantes dirigentes da Irmandade Muçulmana, gritaram "Abaixo a lei militar" e aplaudiram Mursi quando ele entrou na sala.
Morsy, que ficou apenas um ano no poder, foi mantido em detenção pelo exército em um local secreto desde a destituição. Nos dias anteriores a sua queda, milhões de egípcios saíram às ruas para pedir sua renúncia. O movimento o acusava de ter centralizado o poder em benefício da Irmandade Muçulmana.
Posteriormente, o novo governo reprimiu de forma violenta os manifestantes pró-Morsy, em particular a partir de 14 de agosto, quando policiais e soldados mataram centenas de partidários ao dispersar um protesto no Cairo. Desde então, mais de mil manifestantes morreram e mais de 2.000 membros da Irmandade Muçulmana foram detidos, incluindo seus principais líderes.