A briga entre o Vaticano e a Teologia da Libertação data do pontificado do Papa João Paulo II, que afirmou em 1979 que "a concepção de Cristo como um homem político, revolucionário, como o subversivo de Nazaré, não correspondia à catequese da Igreja".
O então prefeito para a Doutrina da Fé, Joseph Ratzinger, futuro Bento XVI, havia punido vários teólogos, acusando-os de uma análise marxista da Bíblia. Um desses teólogos foi o brasileiro Leonardo Boff.
O arcebispo de Buenos Aires, Jorge Mario Bergoglio, defensor de uma Igreja dos pobres, sempre foi crítico em relação à Teologia da Libertação, pelas mesmas razões.
No entanto, de acordo com o bispo Müller, Ratzinger não só criticou a Teologia da Libertação em seus documentos doutrinais de 1984 e 1986, mas reconheceu também intuições justas no campo social. Muitos analistas consideram que, ao escolher Müller como prefeito da Congregação para a Doutrina da Fé, o ex-papa já havia aberto o caminho para uma reabilitação progressiva.