Em janeiro de 2009, suspendeu a excomunhão de quatro bispos integristas do movimento ultraconservador de Marcel Lefebvre, entre eles o britânico Richard Williamson, que nega a existência do Holocausto nazista.
Em duas ocasiões, visitou a América Latina. A primeira em maio de 2007, para assistir a assembleia-geral da Conferência Episcopal da América Latina e do Caribe (Celam), celebrada em Aparecida, São Paulo.
Negou nessa ocasião que a religião católica tivesse sido imposta pela força aos povos americanos, o que lhe valeu duras críticas de religiosos e laicos que recordaram as atrocidades cometidas pelos conquistadores da América em nome da fé.
Em março de 2012, visitou o México e Cuba, onde defendeu a liberdade e os direitos da Igreja e recordou a primeira e histórica visita de João Paulo II à ilha comunista em 1998.
Entre 2007 e 2012 publicou três livros sobre a vida de Jesus, a partir de dados fundamentais oferecidos nos Evangelhos e em outros escritos do Novo Testamento.
Neles reflete sobre a figura de Jesus Cristo na qualidade de teólogo, não como sumo pontífice da Igreja Católica, um imponente exercício intelectual, que, além disso, foi um êxito internacional de vendas.
Bento XVI escreveu três encíclicas: "Deus caritas est" (Deus é caridade, 2005) sobre a caridade e o amor divino, "Spe salvi" (Salvos pela esperança, 2007), na qual faz uma autocrítica ao cristianismo moderno e analisa principalmente o pessimismo e o materialismo que sacode os europeus, e "Caritas in veritate" (Na caridade e na verdade, 2009).