No último meio século, Gurdon não interrompeu suas atividades. Após uma breve passagem pelo California Institute of Technology (Caltech), retornou a Oxford e, em 1972, passou para a universidade rival, Cambridge, para iniciar uma unidade de embriologia molecular. Com o passar dos anos, a unidade evoluiu e virou a Wellcome/CRC Institute for Cell Biology and Cancer, antes da universidade decidir rebatizar o local com o nome do cientista. Entre outras honras, Gurdon, membro da prestigiosa Royal Society britânica, também foi nomeado cavaleiro em 1995 pela rainha Elizabeth II.