Rejeitado pelas igrejas protestantes coreanas, Moon fundaria em 1954 sua própria congregação, a Igreja da Unificação. Atualmente é uma das maiores e mais controversas comunidades religiosas do mundo, sendo considerada uma seita em vários países. A organização reivindica pregar em 200 países para três milhões de seguidores que se referem a Moon como "o verdadeiro pai" e o consideram "o único Messias da história humana". Seus ensinamentos são baseados na Bíblia, mas com novas interpretações, e são considerados heréticos por algumas organizações cristãs.
"A visão de Deus de Moon é essencialmente coreana, combinando xamanismo e padrões familiares confucianos ao modelo cristão", escreveu Michael Breen em seu livro, "The Koreans". "Seu Deus é o pai misericordioso que sofre em uma agonia solitária em um mundo de crianças más", explicou o autor. O movimento é conhecido pelas cerimônias de casamento que reúnem milhares de casais. Seu vasto império econômico abrange os setores da construção, da educação, da alimentação, da engenharia e da imprensa. A organização possui, entre outros, o jornal Washington Times.
Em 1991, Moon se reuniu com o então líder norte-coreano Kim Il-Sung em Pyongyang. Fez negócios com a Coreia do Norte, através de uma empresa associada à seita, Pyeonghwa (Peace) Motors, que desde 1999 se dedica à construção de automóveis no norte da península. O reverendo deixou 14 filhos, muitos dos quais trabalham em seu império. Hyung Jin Moon, o caçula dos homens, o sucedeu em 2008, então com 28 anos, à fente do movimento.