Lugo também foi formalmente acusado pelo uso das Forças Armadas em atividades políticas, por manter vínculos com grupos gerrilheiros e não impedir que a insegurança se espalhasse pelo país, pela crise dos sem-terras no departamento de Ñacunday, no sudeste do pais, e pela assinatura de acordo que permite a intervenção da União de Nações Sul-americanas (Unasul) caso haja risco à democracia - o protocolo de Ushuaia II.