Mujica, 74 anos, se converte assim no segundo guerrilheiro latino-americano a chegar ao poder pelas urnas, depois de Daniel Ortega, na Nicarágua.
No discurso ante seus partidários, Mujica proclamou que não há "nem vencidos nem vencedores" e se mostrou conciliador para com os partidos opositores.
"É o mundo do revés, aqui deveriam estar vocês e nós aplaudindo porque esta batalha foi travada por vocês", afirmou.
"Mas também recordemos que há compatriotas que estão tristes e que são nossos irmãos de sangue, e por isso não há nem vencidos nem vencedores", proclamou.
"Apenas elegemos um governo que não é dono da verdade, que precisa de todos vocês", afirmou ainda, estendendo seu reconhecimento a todas as coletividades políticas: o Partido Nacional (centro-direita), de seu oponente, o ex-presidente Lacalle; o Partido Colorado (centro-direita) e o Partido Independente (centro-esquerda).
"Meu reconhecimento ao dr. Lacalle, (a Jorge) Larrañaga (candidato a vice do Partido Nacional), companheiro senador, meu reconhecimento e, se em algum momento meu temperamento de combatente fez minha língua ir muito longe, minhas desculpas", afirmou, visivelmente emocionado.
Também saudou os "irmãos da América Latina, os que representam bem, mal ou regularmente as esperanças frustradas de um continente que tenta se unir como pode; todos nos ligaram para nos dar um abraço, obrigado, irmãos".
Mujica conseguiu 51% dos votos, contra 44% de Lacalle, segundo o instituto Factum, porcentagens similares a de outra empresa - Cifra -, que também dá 51% ao ex-guerrilheiro e 44% ao ex-chefe de Estado.
Por sua parte, a Equipos dá 50% dos votos a Mujica e 46% a Lacalle.
Assim que foram divulgados os primeiros resultados, Lacalle admitiu sua derrota e, falando aos partidários, destacou que o atual presidente Tabaré Vázquez ligou para parabenizá-lo.
"Fora as divergências entre nós, o presidente fortaleceu o conceito de democracia e país, como o fará o senador José Mujica, que regerá os destinos a partir de 1o. de março de 2010".
"Digo, sustento e proclamo a todos os que nos quiserem ouvir e em nome do um milhão de pessoas que votou em nós, que seremos soldados da liberdade, custódios das instituições e defensores das leis", concluiu.
O atual presidente, Tabaré Vázquez, festejou com um abraço a vitória de seu candidato e pediu que a "calma, o respeito e a tolerância devem acompanhar todos os uruguaios no que deve ser um festejo geral".
Candidato da coalizão de governo Frente Ampla (FA), Mujica foi recebido pelos simpatizantes com fogos de artifício no momento em que foi votar durante a manhã.
No entanto, o candidato se mostrou pouco entusiasmado com o ato.
"Isto não tem emoção, a esta altura é como dançar com a irmã", declarou, acrescentando que dedicava o voto "a amigos e amigas que já não estão aqui".
De fato, havia menos fervor nas ruas neste segundo turno, ao contrário do que foi registrado no primeiro, em 25 de outubro.
Lacalle, de 68 anos, disputando pelo Partido Nacional (PN, centro-direita), ao votar durante a tarde, falou de sua intenção de "construir a unidade entre os uruguaios e manter a tolerância qualquer que seja o resultado das eleições".
Ao deixar sua seção eleitoral, foi vaiado por simpatizantes da FA e defendido pelos eleitores do PN, que em resposta gritaram "assassinos" para aludir ao passado guerrilheiro de Mujica.
Convicto de que derrotaria Lacalle, Mujica foi para o segundo turno já pensando na composição de seu governo e em fechar acordos com a oposição, apesar de seu partido ter toda chance de alcançar a maioria parlamentar.
Além de garantir que seu companheiro de chapa, Danilo Astori, se encarregue da gestão econômica, Mujica mostrou-se disposto a negociar acordos com a oposição sobre alguns temas - educação, segurança, energia e meio ambiente -, e a oferecer alguns ministérios.
Mujica confirmou neste domingo que deseja um acordo com a oposição.
"Ter votos a mais não significa que sejamos donos da sociedade, muito menos que nossa verdade seja imaculada", declarou o candidato.
O temor das autoridades por conta das previsões de fortes chuvas, o que segundo o ministro da Corte Eleitoral Edgardo Martínez Zimarioff fez com que algumas seções em zonas rurais, afetadas por inundações, abrissem e fechassem um pouco mais tarde.
As chuvas que afetam o país há 10 dias já obrigaram mais de 6.000 pessoas a abandonar suas casas.
No meio da tarde, a participação dos eleitores se situava entre 68% e 85%, segundo dados preliminares do Tribunal Eleitoral.
As Forças Armadas acompanharam o processo para garantir a segurança e o transporte do material e dos funcionários eleitorais às áreas inundadas.