A seleção dos alunos será feita, inicialmente, pela nota do estudante no Exame Nacional do Ensino Médio (Enem). Caso haja vagas ainda disponíveis, serão chamados os inscritos no Cadastro Online do Pronatec e, posteriormente, no caso de vagas remanescentes, cada instituição será responsável pelo próprio sistema de seleção.
Até a publicação da portaria participavam do Pronatec apenas instituições federais e do Sistema S (Sesi, Senai, Sesc e Senac). Agora, as instituições interessadas devem se registrar no .
A portaria também republicou as regras do Fundo de Financiamento Estudantil (Fies) Técnico, para adaptar as condições à inclusão das particulares no Pronatec. No Fies Técnico, poderão requerer o financiamento empresas e estudantes. As empresas deverão se habilitar no programa por meio do Sistec para ter direito ao crédito, em seguida procurar uma das 350 escolas já habilitadas e criar uma turma. Os cursos poderão ser de ensino técnico (mínimo de 160 horas) ou formação inicial e continuada (mínimo de 800 horas).
Para o Fies Técnico individual, o interessado deve procurar uma das escolas habilitadas e se inscrever em um dos cursos de ensino técnico de nível médio, depois solicitar o financiamento. O estudante terá 18 meses de carência para começar a amortizar o financiamento e prazo de três vezes mais 12 meses para quitar o valor devido. Tanto empresas quanto estudantes individuais terão taxas de juros de 3,4% ao ano.
O Fies técnico era uma das medidas previstas no Pronatec lançado em abril de 2011.