Dentre os inscritos serão selecionadas escolas para representar os estados e o Distrito Federal. As escolas escolhidas recebem o diploma de destaque estadual ou distrital e R$ 6 mil. As seis escolas finalistas, além do diploma de destaque nacional, recebem R$ 10 mil cada. A selecionada como primeira colocada ganha R$ 30 mil e o título de Referência Brasil. Os prêmios em dinheiro não são cumulativos. Os diretores de todas as instituições de ensino selecionadas para representar seus estados também ganham uma viagem de intercâmbio para os Estados Unidos.
De acordo com dados do Consed, na última edição foram inscritos cerca de 9 mil instituições. Desde sua primeira edição, foram 34.232 inscrições. De acordo com o conselho, a intenção é que as escolas realizem uma autoavaliação da gestão e que envolvam também a comunidade no processo. A partir desta edição, o prêmio deixa de ser anual e se torna bianual, sendo um ano voltado ao concurso e o outro para a formação dos gestores.
A edição de 2013 tem como parceiros a Embaixada dos Estados Unidos, Fundação Roberto Marinho, o Instituto Unibanco, a Fundação Santillana, Fundação Itaú Social, o Instituto Gerdau, Fundação Victor Civita, o Instituto Natura, a Organização das Nações Unidas para a Educação, a Ciência e a Cultura (Unesco), União Nacional de Dirigentes Municipais de Educação (Undime), o Ministério da Educação (MEC), Centro de Estudos e Pesquisas em Educação, Cultura e Ação Comunitária (Cenpec) e a Consultoria em Sistemas e Tecnologia da Informação (ConsisTI).