Segundo o FNDE, 15 unidades federativas e 1.999 prefeituras não prestaram contas em relação à alimentação escolar de 2011 e as 27 unidades federativas e 5.189 municípios não enviaram a documentação do programa referente a 2012. Em relação ao transporte escolar, uma unidade federativa e 1.123 prefeituras não prestaram contas referentes a 2011 e 12 unidades federativas e 4.874 municípios não enviaram os dados de 2012. A prestação de contas do PDDE se subdivide em categorias e entes federativos podem ter prestado conta parcialmente. Pelo é possível consultar as unidades federativas e os municípios que enviaram a documentação.
Aqueles que não cumprirem o prazo podem ficar sem os recursos dos três programas enquanto não regularizarem a situação, informa a autarquia. O adiamento ocorreu "para que nenhum ente federativo seja prejudicado, pois se trata de uma nova sistemática de apresentação das prestações de contas, por meio eletrônico".
Os novos prefeitos, que ainda não têm senha do sistema, devem entrar em contato com a central de atendimento pelo telefone 0800-616161. O FNDE disponibilizou também um para auxiliar os gestores na prestação de contas.