A boca de urna e a propaganda eleitoral foram responsáveis por 67% das ocorrências das 1.052 irregularidades registradas no segundo turno das eleições. Houve 451 prisões. Entre elas, a da deputada federal eleita Cristiane Brasil (PTB-RJ), filha de Roberto Jefferson, delator do esquema do mensalão. Um homem foi assassinado no Rio Grande do Norte na fila de votação. Uma urna foi incendiada em Minas Gerais, e outra teve o número 3 colado para evitar o voto no PT em Goiás. Foram registrados 11 casos de corrupção eleitoral em todo o país, principalmente compra de votos. Dois resultaram em prisões. Ao todo, 428.894 urnas foram usadas, apenas 0,75% quebraram.
As autoridades consideraram as eleições tranquilas, tendo em vista a quantidade de eleitores: 142 milhões. ;Essas eleições foram extremamente disputadas e acirradas, mas o povo, o conjunto dos cidadãos, levou esse debate de forma civilizada;, disse o presidente do Supremo Tribunal Federal, Ricardo Lewandowski, em entrevista ao lado do colega que preside o Tribunal Superior Eleitoral (TSE), Dias Toffoli, que classificou as eleições como ;as mais tranquilas dos últimos tempos;.
Em Minas Gerais, o pedreiro João Milton Pereira, 42 anos, jogou gasolina em uma urna eletrônica em uma seção de Porteirinha. Ele foi preso em flagrante e justificou o atentado como revolta pelo atraso em seu processo de aposentadoria. Conforme testemunhas, o pedreiro chegou à seção eleitoral e realizou normalmente o procedimento de conferência do título de eleitor e do documento de identidade. Quando estava dentro da cabine de votação, derramou gasolina na urna e ateou fogo. João Milton carregou o combustível num frasco de desodorante de 90ml e numa embalagem de refrigerante de 200ml, escondidos no bolso. O fogo foi apagado pelos próprios mesários. (Colaboraram Luiz Ribeiro, Marcello Oliveira e Clarisse Souza)