Minha esposa (ela é minha dependente) tem um contrato do Fies (Financiamento Estudantil do governo federal via Caixa), mas ainda não estou pagando o empréstimo, apenas os juros do financiamento que vêm a cada três meses.

Posso declará-los no meu Imposto de Renda? Como fazer?

O valor do empréstimo deve ser lançado na ficha Dívidas e Ônus Reais, exceto se a dívida for menor do que R$ 5 mil. Os juros serão lançados na ficha Pagamentos Efetuados.