Ministro da Economia durante o governo do conservador José María Aznar (1996-2004), Rato é investigado judicialmente por sua gestão no Bankia, cuja nacionalização precipitou o resgate europeu ao setor bancário espanhol.
O economista aparece em uma lista divulgada pela justiça com 86 diretores do banco que teriam gastado 15,2 milhões de euros para usos pessoais com cartões de crédito corporativos.