A decisão judicial aponta que a ação do Ministério Público é embasada em documentos. "O ato impugnado nesta ação se encontra devidamente documentado nos autos. Além disso, nenhum dos réus negou que tenha sido expedida a portaria ampliando a carga horária do requerido (Agnelo). Diante disso, não há como se cogitar que o ato considerado ímprobo inexistiu. O cerne da controvérsia gira em torno de sua qualificação ou não como ato de improbidade, questão essa pertinente ao mérito."
Para a 4; Vara da Fazenda do DF, ;as razões expostas pelos réus não demonstram de plano a plena legalidade do ato;.
Nos autos, em defesa prévia, Agnelo ;sustentou a regularidade do ato impugnado, pois se encontrava licenciado do cargo de médico para o exercício de mandato eletivo, no curso do qual cumpriu carga horária muito superior à de quarenta horas por semana;. Segundo o ex-governador, ;o aumento de sua jornada de trabalho atende ao bom senso e à razoabilidade, pois a carga horária estendida já estava incorporada a sua rotina de trabalho;. Acrescentou que a aplicação do Decreto 25324/2004 ;foi correta; e destacou que não há indícios suficientes da existência de ato de improbidade.
A ex-secretária de Saúde Marília Coelho Cunha, também em defesa prévia, alegou que o ato questionado era destinado a orientar os órgãos da administração de pessoal a respeito do procedimento a ser adotado quanto à jornada de trabalho do servidor após seu retorno ao cargo de médico.
Argumentou que ;não haveria necessidade de requerimento do servidor, pois a jornada prolongada já se havia incorporado à relação jurídica mantida com a Administração;. Asseverou que as regras do Decreto 25324/2004 se aplicam à hipótese, mesmo que o servidor não estivesse ocupando cargo comissionado, mas eletivo. Acrescentou que ;havia interesse da Administração e do servidor na ampliação da jornada de trabalho, independente da instauração de procedimento administrativo". Marília negou ter havido lesão ao erário.
O juiz da 4; Vara da Fazenda rejeitou apenas uma liminar pleiteada pelo Ministério Público para determinar o retorno de Agnelo à carga horária de 20 horas semanais. "Em relação ao pedido de tutela de urgência formulado pelo Ministério Público na inicial, para que se determine o imediato retorno de Agnelo Santos Queiroz Filho à carga horária de 20 horas semanais, deve ser indeferido, por ora, tendo em vista ser necessária a verificação da situação atual do servidor. Foi divulgado na imprensa que em setembro de 2015 ele foi cedido ao Ministério da Saúde. Assim, é preciso apurar se persiste a lesão ao erário invocada pelo Parquet como justificativa para a tutela. Nesse sentido, indefere-se o pedido de liminar."