Entre as falhas encontradas durante o trabalho de apuração da investigação, que foi concluída em 19 de setembro deste ano, estão irregularidades como a terceirização de serviços sem a devida comprovação de busca pela proposta mais vantajosa para o poder público. Além disso, o documento elaborado pelo FNDE relata a ausência de registros capazes de atestar o recebimento de produtos e de serviços contratados e até mesmo a movimentação irregular dos recursos, com dinheiro do programa depositado em conta bancária não compatível. Houve ainda pagamentos em duplicidade e até débitos sem a devida prestação de contas.