Os procuradores também solicitam que o juiz das garantias não seja aplicado nas ações penais que tramitarem no Supremo Tribunal Federal (STF). Se a sugestão for acatada, Aras deve encaminhar ao Conselho Nacional de Justiça (CNJ), responsável pela implementação da nova lei. O CNJ criou um grupo para tratar do assunto, sob coordenação do corregedor nacional de Justiça, ministro Humberto Martins.
Os integrantes do MP defendem que o prazo de 30 dias para que a medida entre em vigor não é suficiente para que o Judiciário adapte tribunais e unidades judiciárias. O juiz das garantias é um magistrado que atua apenas na fase de investigação, determinando prisões temporárias, preventivas, ou medidas cautelares, por exemplo. O magistrado, neste caso, é responsável pro conduzir atos de investigação, como determinar cumprimento de mandados de busca e apreensão, por exemplo.
O presidente do Supremo, Dias Toffoli, afirmou que o Poder Judiciário tem capacidade de cumprir a lei aprovada no Congresso e sancionada pelo presidente Jair Bolsonaro. "O juiz já faz isso. Não há que se falar em aumento de custo e de trabalho. É uma questão de organização interna", afirmou Toffoli em uma reunião do grupo de trabalho no CNJ. Partidos políticos questionaram a criação do juiz das garantias no Supremo, mas o caso ainda não foi julgado. No entanto, entre os ministros da Corte, é grande o apoio a nova lei. A maioria dos integrantes se baseia em experiências internacionais para basear sua avaliação.