A partir de agora, o deputado enfrenta um processo, onde poderá apresentar defesa, provas e a coleta do depoimento de testemunhas. O deputado é acusado de receber R$ 106 mil em propina do ex-presidente da Companhia Brasileira de Trens Urbanos (CBTU), Francisco Colombo. De acordo com as investigações, os repasses ilegais ocorreram para que Francisco continuasse no cargo. O montante teria sido repassado ao congressista por um assessor.
De acordo com o Ministério Público Federal (MPF), o parlamentar usou sua influência política para definir quem ficava no comando da companhia. ;Francisco Colombo, para se manter na presidência da CBTU, oferecia e pagava vantagens indevidas a Arthur Cesar Pereira de Lira para que este, na condição de deputado federal, líder do PP na Câmara dos Deputados, com a prerrogativa de fazer indicações para cargos em comissão, mantivesse-o naquele cargo como nomeação política da agremiação;, diz um trecho da denúncia.
No julgamento, o advogado Pierpaolo Bottini, que representa Arthur, afirmou que não existe provas suficientes de que o dinheiro era repassado como propina.