O comandante do voo e oito tripulantes não foram presos na hora, pois a investigação conjunta da FAB e da PF apontava que eles não saberiam da carga. Dias depois, o tenente-coronel-aviador Paulo Sérgio Pereira Oliveira foi preso e confessou ter entregue as malas com cocaína ao piloto major-aviador Antonio Takuo Tani, a pedido do seu irmão, José Carlos Oliveira, que receberia a encomenda na Espanha.
Três oficiais da Aeronáutica e três civis foram indiciados no Inquérito Policial Militar (IPM) que investigou o caso. Os outros militares indiciados foram o tenente-coronel da reserva Washington Vieira da Silva e o major-aviador Luiz Antônio da Silva Greff. Condenados a penas de 16 e 17 anos, os militares acusados foram presos, mas receberam habeas corpus em recursos judiciais.
O segundo-sargento Manoel Silva Rodrigues foi preso, na terça-feira (25/6), na Espanha, com 39 kg de cocaína na bagagem. O militar fazia parte da comitiva que acompanha o presidente Jair Bolsonaro ao Japão. A prisão causou constrangimento ao Palácio do Planalto e levou o presidente a comentar o episódio nas suas redes sociais duas vezes em menos de 24 horas.