As causas da rebelião ainda estão sendo investigadas, mas, em nota, a Secretaria de Justiça e Administração Penitenciária (Sejap) adiantou que, de acordo com informações preliminares, a última rebelião foi causada pela guerra de facções no presídio e em represália à prisão de vários integrantes de uma delas. Ao longo dessa quinta-feira, o medo tomou conta de parte dos moradores de São Luís, motivando o sindicato dos rodoviários a recolher os ônibus durante a noite, colégios e universidades a cancelar aulas e muitos comerciantes a encerrar o expediente mais cedo. Além disso, o Conselho Nacional de Justiça (CNJ) e a Associação de Magistrados do Maranhão (Amma) criticaram a precariedade e a superlotação das instalações prisionais maranhenses e a falta de unidades no interior. O juiz auxiliar da presidência do CNJ e coordenador do Departamento de Monitoramento e Fiscalização do Sistema Carcerário, Douglas de Melo Martins, chegou a declarar à Agência Brasil que organizações criminosas controlam o sistema prisional maranhense.
O secretário estadual de Segurança Pública, Aluisio Mendes, confirmou que facções criminosas disputam o controle do tráfico de drogas, mas assegurou que os principais integrantes desses grupos já foram identificados. ;Conseguimos identificar que ordens partiram de dentro da penitenciária para que os soldados do tráfico que estão do lado de fora executassem ações criminosas;, disse o secretário, referindo-se a casos como os sete ônibus incendiados de quarta-feira [9] para ontem [10]. ;A ordem era para que os criminosos vingassem as prisões ocorridas na última segunda-feira, na qual foram presos 39 integrantes de um grupo criminoso. Já sabemos quem determinou essa ordem e existe uma força tarefa empregada, exclusivamente, nessas investigações;, completou Mendes.
O secretário também anunciou que unidades de Segurança Comunitária como a que já está funcionando na Vila Luizão vão ser reproduzidas em outras regiões da capital. Na próxima terça-feira (15), o governo assinará a ordem de serviço para o início da unidade de Coroadinho. Há também previsão de que outra unidade comece a ser construída ainda este mês na Cidade Olímpica. Mais nove bairros deverão ser contemplados com as unidades. De acordo com Mendes, a implantação da unidade da Vila Luizão contribuiu para a redução de 85% dos casos de violência.