Entidades de defesa do meio ambiente também participaram da regata, com objetivo de denunciar os crimes ecológicos, como o biólogo Rodrigo Gaião, coordenador da organização Guardiões do Mar. ;A maior fonte de poluição é o esgoto doméstico, que afeta principalmente a área mais ao fundo da baía [parte mais interna], que de tão assoreada já é possível caminhar com água pelas canelas. Apesar disso, ainda podemos identificar animais silvestres, como boto, jacaré, lontra e capivara. Peixes maiores, como o robalo e o melro, já são difíceis de serem encontrados. A garoupa ainda subsiste, principalmente junto às pedras.;
Entre os projetos desenvolvidos pela Guardiões do Mar, está o Uçá, que busca preservar o caranguejo que dá nome ao projeto. O uçá já foi abundante na Baía de Guanabara, mas hoje só é encontrado em poucas áreas preservada, como a Área de Proteção Ambiental de Guapi-Mirim. A baía recebe 35 rios. Eles banham 16 municípios localizados no entorno da Baía de Guanabara, onde vivem 11 milhões de pessoas.