Em 1998, Marcos Paulo assumiu um dos núcleos de direção de programas da TV Globo. Sob sua responsabilidade, foram produzidas as novelas Meu bem querer (1998), Força de um desejo (1999), Porto dos milagres (2001), O beijo do vampiro (2002), Começar de novo (2004) e Desejo proibido (2007). Outros programas também foram produzidos pelo núcleo, como Você decide, Malhação, o especial de fim de ano Estação Globo e Os caras de pau.
Casamentos
O ator e diretor era casado com a atriz Antonia Fontenelle. Antes, teve quatro uniões conjugais. A primeira mulher foi a jornalista Márcia Mendes. Depois, a também jornalista Belisa Ribeiro. O ator também foi casado com as atrizes Renata Sorrah e Flávia Alessandra. Ele deixa três filhas.