A licença de operação, que estabelece 32 condicionantes específicas, prevê a manutenção dos programas ambientais direcionados à etapa de construção, além de programas relativos à fase de operação. Segundo o Ibama, a operação das primeiras unidades geradoras deve ocorrer junto com a instalação das unidades restantes e das demais estruturas da usina.
As obras da usina estão previstas para serem concluídas em 2015, quando entrarão em operação 50 geradores.
A Usina Hidrelétrica Santo Antônio, também no Rio Madeira, iniciou a geração comercial de energia no final de março. Ao todo, cinco turbinas já estão em funcionamento, com capacidade para abastecer até 1,7 milhão de residências no país.