Apesar de ocuparem 43,9% do território da Amazônia, as áreas protegidas do bioma não estão livres de ameaças à proteção da floresta, da fauna e de comunidades tradicionais. Estudo do Instituto do Homem e do Meio Ambiente da Amazônia (Imazon) e do Instituto Socioambiental (ISA) mostra que, apesar de avanços nos últimos anos, as Unidades de Conservação (UCs) e Terras Indígenas (TIs) da região têm falhas na gestão e estão sujeitas às pressões do desmatamento, exploração madeireira e mineração.
De acordo com o relatório, ;a criação e a manutenção de áreas protegidas é uma das estratégias mais eficazes para a conservação dos recursos naturais na Amazônia;, mas a preservação depende de gestão eficiente, ampliação das fontes de financiamento e controle das atividades ilegais.
Um dos principais desafios para a proteção efetiva dos territórios que estão em UCs e TIs, segundo os pesquisadores, é a consolidação dessas áreas. Até dezembro de 2010, por exemplo, 70% dos planos de manejo das unidades de conservação da Amazônia não estavam prontos. ;Das 308 UCs estaduais e federais analisadas, apenas 24% possuíam planos de manejo aprovados; 1% estava com seus planos em fase de revisão; 20% estava na fase de elaboração, e 50% sequer tinham iniciado seus planos de manejo;, revela o levantamento do Imazon e do ISA.
A dificuldade na gestão também está ligada à falta de pessoal, com poucos fiscais responsáveis por áreas imensas de florestas, muitas vezes distantes de ocupações urbanas. Nas UCs estaduais, a média é de um funcionário para cuidar de 1,8 mil quilômetros quadrados (km;). Há casos em que a proporção é de uma pessoa para 4 mil km;, uma área equivalente a 400 mil campos de futebol.
Nas Terras Indígenas, a homologação de áreas já reconhecidas e os conflitos econômicos e fundiários são os principais gargalos para a consolidação, segundo o relatório.
O desmatamento, que ameaça todo o bioma, também atinge as áreas protegidas, que teoricamente deveriam estar protegidas das derrubadas ilegais. De acordo com o estudo, 3,5% de todo desmatamento na Amazônia até 2009 estava em áreas protegidas, num total de quase 26 mil km; de floresta a menos. Há UCs em que 88% da vegetação original foi derrubada e TIs com 70% do território desmatado.
Além das pressões do desmate e da exploração ilegal de madeira e da mineração, as áreas protegidas também sofrem ameaças de alterações formais, geralmente para reduzir o tamanho dos territórios sob proteção. Em 2010, um estudo do Imazon identificou pelo menos 37 propostas formais para alterar 48 áreas protegidas da Amazônia.
No estudo, os pesquisadores sugerem medidas para fortalecer e consolidar as áreas protegidas na Amazônia, como o controle de ocupações irregulares, o aumento do número de gestores para atuação em campo nas unidades de conservação e a conclusão prioritária de processos de reconhecimento e homologação de terras indígenas.