O bioma, que ocupa 22% do território brasileiro, já perdeu quase 1 milhão de quilômetros quadrados, cerca de 48% de sua cobertura total. Somente entre 2002 e 2008, foram desmatados 85.075 quilômetros quadrados, segundo dados do Ministério do Meio Ambiente.
O desmatamento recente no Cerrado está concentrado no oeste da Bahia ; na divisa com Goiás e o Tocantins ; e no norte de Mato Grosso. As áreas coincidem com as regiões produtoras de grãos e de carvão.
Em todo o bioma, a expansão das lavouras de cana-de-açúcar e de soja, além da produção de carvão e das queimadas (naturais ou provocadas), são os principais fatores de desmatamento. A pecuária também tem contribuição significativa para a destruição do Cerrado, principalmente por causa do modelo de produção extensivo, que chega a destinar mais de um hectare para cada boi.
A devastação do Cerrado também ameaça a oferta de recursos hídricos do país. Considerado ;a caixa dá água do Brasil;, o bioma concentra as nascentes das bacias hidrográficas do São Francisco Araguaia-Tocantins e do Paraná-Paraguai.
A proteção do bioma é estratégica para que o governo brasileiro consiga cumprir as metas assumidas internacionalmente de reduzir as emissões de gases de efeito estufa do país entre 36,1% e 38,9% até 2020.