No recurso, os advogados de Mattoso argumentaram que a rejeição da denúncia contra Palocci impediria que o ex-presidente da Caixa fosse julgado pelo Supremo. O caso foi para o STF pelo fato de Palocci ser deputado federal.
O relator do recurso, ministro Gilmar Mendes, disse que a questão levantada pela defesa não passou despercebida à época do julgamento. Mendes lembrou que os ministros concluíram que a Corte não tinha como analisar somente o caso de Palocci e deixar para que um juiz de primeira instância analisasse a mesma denúncia quanto aos demais denunciados. De acordo com Mendes, a posição dos denunciados no caso eram ;inextrincáveis;.