Para agravar ainda mais a situação, o estudo constata que, historicamente, o governo brasileiro tem reservado poucos recursos do orçamento da União para cuidar das reservas extrativistas e biológicas, florestas e parques nacionais, estações ecológicas, áreas de proteção ambiental e monumentos naturais. O estudo calculou em R$ 1,4 bilhão o custo mínimo para manter em bom estado todas essas unidades de conservação, inclusive as estaduais. Somente para despesas de custeio das áreas federais, o diagnóstico aponta a necessidade de R$ 466 milhões por ano. O recurso seria utilizado na fiscalização, organização, instalações e funcionamento administrativo das UCs para impedir invasões, evitar queimadas e derrubada de árvores. O custeio das florestas estaduais foi estimado em R$ 394,3 milhões.
Outros R$ 350 milhões seriam necessários, de acordo com as projeções financeiras do trabalho, para a parte da infra-estrutura das unidades que ainda não foram criadas ou para complementar os equipamentos já existentes, mas obsoletos ou defeituosos. Esse valor foi estabelecido pela equipe que analisou o SNUC considerando que já existem 70% da infra-estrutura destinada a administração e funcionamento das florestas. Mesmo com tantas necessidades, o governo ao elaborar o orçamento e o Congresso ao aprovar a lei orçamentária com emendas parlamentares só destinaram R$ 229,2 milhões para investimentos e custeio das unidades de conservação federais. Um déficit de quase R$ 600 milhões.